Japan-Places.com перечислил около 540 Протестантские церкви в Япония. Некоторые из лучших Протестантские церкви в Япония являются- Koiwa Церковь, Христианская церковь Хатиносато, Церковь Акасака, Церковь Юммачи Хонго, Церковь Кагосима Кадзиячо, Японская христианская церковь Церковь Нисиараи, Центр Видения (ЦЕРКОВЬ СЕМЬИ ИИСУСА), Библейская церковь Южной Осаки, Японский Альянс Церковь Христа Цутиура Мэгуми Церковь & Мегуми Цучиура Церковь Японского Альянса.